지난 2008년 5.18 관련 단체는 지만원 박사가 운영하는 시스템클럽 홈페이지에 게재한 5.18 관련 칼럼 중 북괴특수부대의 개입의혹을 제기한 내용을 문제로 삼아 인터넷 사이트 3곳과 지 대표를 `허위사실 유포에 의한 명예훼손'으로 고소했었다.

이들 5.18단체는 전사모 등 일부 인터넷 사이트 운영자들이 “5.18은 북한 특수부대의 공작이다”, “5.18은 폭동이다”등 5.18을 비방하는 취지의 글을 지속적으로 게시판 등에 올려 5.18 관계자들의 명예를 훼손했다고 주장했다.

그러나 지만원 박사 측 변호인은 “역사문제에 대한 학자의 견해는 명예훼손이 성립될 수 없다”고 맞서며 3년간의 긴 법정 싸움을 벌여왔다.

이와 관련, 자유시민연대 송영인 공동대표(전 국정원 제주지부 부지부장)는 “자세한 내용은 판결문이 나와야 알 수 있지만 ‘5.18이 북한 특수부대의 공작이다’라는 그동안의 주장이 설득력을 얻게 되었다”고 말했다.